Sample MPICH-2 pbs script file

리눅스이야기 2011. 6. 23. 04:45



#! /bin/sh
#PBS -N job_test
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -j oe

exef=test.exe
outf=out.1

#-----------make the following universal and unchanged for any user-------------

cd $PBS_O_WORKDIR
jobid=`echo $PBS_JOBID |cut -fl -d"."`
cat $PBS_NODEFILE $PBS_O_WORKDIR/$PBS_JOBNAME.hosts.$jobid

nprocs=`cat $PBS_NODEFILE |wc -l` # total number of processors

echo "Job started on `hostname` at `dat`">$outf
cat $PBS_NODEFILE                       >>$outf
cat $PBS_NODEFILE|sort -u|gawk '{print $1}'>mpd.hosts
num_nodes=`cat mpd.hosts|wc -l`
mpdboot -n $num_nodes
if [ $? -eq "0" ]; then
        echo "mpiexec -machinefile $PBS_NODEFILE -n $nprocs $exef >> $outf" >>$outf
        mpiexec  -machinefile $PBS_NODEFILE -n $nprocs   $exef              >>$outf
        echo "Job Ended at `date`"                                          >>$outf
        mpdallexit
        exit 0
else
        echo "error mpdboot">>$outf
        exit 1
fi
#!/bin/sh
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -N job_test
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -j oe

# the following give the path for the exe file and the name of the output
 exef=./test.exe
 outf=out.1

# ----- the remaining part need not change -----

 cd $PBS_O_WORKDIR
 jobid=`echo $PBS_JOBID |cut -f1 -d"."`
 # cat $PBS_NODEFILE > $PBS_O_WORKDIR/$PBS_JOBNAME.hosts.$jobid
 nop=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')

# ----- echo information -----
 echo "Job started on `hostname` at `date`" >> $outf
 echo "Job is running on node(s): " >> $outf
 cat $PBS_NODEFILE                  >> $outf

# ----- start up the mpd daemons and check the mpd ring. -----
startmpd()
{
 echo ' ' >>$outf
 echo ' starting up mpd daemons '
 # create nodefile for use by mpdboot
 # cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq -c | awk '{printf("%s:%s\n",$2,$1)}' > mpd.nodes
 cat $PBS_NODEFILE|sort -u|gawk '{print $1}'>mpd.hosts
 num_nodes=`cat mpd.hosts|wc -l`

 mpdboot -n $num_nodes

 sleep 10
 mpdtrace -l
 mpdringtest 100
}

# ----- end mpd deamon -----
endmpd()
{
 echo ' '
 echo ' killing mpd daemons '
 mpdallexit
}

# ----- Execute the run . Do not run in the background. -----
runprogram()
{
if [ $? -eq "0" ]; then
        echo "Job Start at `date`"
        mpiexec -machinefile $PBS_NODEFILE -np $nop $exef >>$outf
        echo "Job Ended at `date`"
else
        echo "error mpdboot"
fi
}

# ----- "qdel" command is used to kill a running job -----
early()
{
 echo ' '
 echo ' ######## WARNONG : EARLY TERMINATION ######## '
 echo ' '
}

trap 'early; stageout' 2 9 15

##################################################
# Full sequence                                  #
##################################################
startmpd
runprogram
endmpd

# -----
exit 0

mpd daemon 이용법 참조
저작자표시 비영리 변경금지

'리눅스이야기' 카테고리의 다른 글

Raspberry Pi TL-WN725N Wireless 설정  (0) 2014.05.10
MPI-ERROR : caused collective abort of all ranks exit status of rank  (0) 2012.06.21
kill 명령어  (0) 2011.01.13
linux 상에서 tecplot 창 띄우지 않고 작업하기  (0) 2010.10.28
Acer 3820TG Ubuntu 에서 멀티터치 이용  (0) 2010.10.11
Posted by 스핏파이어
,

클러스터에서 병렬 Fluent 이용하는 방법

리눅스이야기 2009. 12. 7. 20:32




클러스터에서 Fluent 이용방법.1(x-window 이용시)

 

1) 클러스터에 접속

 

2) 개인 PC에서 Exceed 를 실행시킨다.(실행하지 않을 경우 외부에서 창 띄우기 불가)

 

3) 명령창에 다음과 같이 입력

$ export DISPLAY=210.119.***.***:0.0 ! 여기서 본인 IP 입력

 

4) 플루언트 이용시 다음과 같이 입력

$ fluent (계산조건) -t(사용할 cpu 수) -pnmpi -cnf=./(호스트파일)&

 

계산조건 : 2d, 2ddp, 3d, 3ddp

호스트파일 : 이용하고자 하는 노드 번호 및 cpu 개수,

호스트 파일은 반드시 이용하는 폴더 아래에 있어야함

SSH의 FTP 창을 이용하여 폴더 생성 및 복사 , 삭제 가능

 

ex) 3ddp 조건으로 cpu 4개를 이용하고자하는 경우(호스트 파일명은 host)

$ fluent 3ddp -t4 -pnmpi -cnf=./host&

 

5) 즐겁게 이용~~


* infiniband 이용시

호스트 파일에 node001i:12 식으로 i 첨부

실행명령어 옵션에  -pib.infinipath  추가

 

클러스터에서 Fluent 이용방법.2(Qsub 이용시)

 

1) 클러스터에 접속

 

2) 개인 PC에서 Fluent를 실행하여 Case file 및 Data file을 생성

!Case file 생성 시, Model, Boundary Condition, Solver, Residual 등의 각 Setting을 완료함.

!Autosave를 설정해 주어야 주기적으로 Data file을 확인할 수 있음

 

3) 명령창에 다음과 같이 입력 (추가적인 job command 는 매뉴얼 참고)

$ vi job.cmd

file

read-case-data

(cas file명).cas← 이 file명의 case file과 data file을 같이 read함

quit

solve

iterate (iterate하고자 하는 횟수)

quit

file

write-case-data

(저장하고자 하는 file명).cas

yes (중복되는 file명의 경우)

quit

exit

yes

 

(esc키 - :키 - wq - enter키)


#PBS -N (job이름)

#PBS -l nodes=(사용할 node수):ppn=2:hpc1,walltime=30:00:00

#PBS -q hpc1

#PBS -j oe

#

# Move to the directory where the job was submitted from

# you could also 'cd' directory to your working directory

#

cd $PBS_O_WORKDIR

#

 

 

# Create new hostfile

#

cat $PBS_NODEFILE | uniq | awk '{ print $1 ":2"}' > fluenthost

 

NOP=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')

#

# Run Fluent

#

/home002/Fluent6.3.26/Fluent.Inc/bin/fluent 2d -g -t

$NOP -pethernet -cnf=$PBS_NODEFILE -i job.cmd >> out.1

 

(esc키 - :키 - wq - enter키)


   run.pbs


$ qsub fluent.pbs

 

4) GUI창을 통해 Residual을 확인할 수 없으므로 다음과 같이 확인

$ tail out.1

- Residual 상태를 수치로 확인 가능

 

5) 접속을 끊어도 Cluster는 계산 수행 가능

 

6) emergence kill 경우 $sh kill-fluent *** 명령을 이용해서 작업내용 삭제


'리눅스이야기' 카테고리의 다른 글

단순 리눅스 포트란 컴파일 정리  (0) 2010.04.09
vi quick reference guide  (0) 2009.12.07
파일 비교 검색명령 (Diff 명령과 Ultracompare 이용 비교)  (0) 2009.07.24
MPICH 이용법  (0) 2009.04.01
레드햇 root pass 분실시  (0) 2009.04.01
Posted by 스핏파이어
,

PBS 에서 홀수 프로세서를 이용하기

리눅스이야기 2009. 4. 1. 13:34



hpc3 클러스터에서 총 87 개 cpu 이용시 예


#PBS -l nodes=10:ppn=8:hpc3+1:ppn=7:hpc3,walltime=100:00:00


또는


#PBS -l nodes=10:ppn=8+1:ppn=7


젠장...이것 하나때문에 얼마나 시간을 많이 보냈는데;;; ㅠㅠ





* 참고자료...

[torqueusers] request odd number of cpus when using ppn=2

Glen Beane glen.beane at gmail.com
Tue Oct 21 13:48:44 MDT 2008 
On Tue, Oct 21, 2008 at 3:40 PM, Brock Palen <brockp at umich.edu> wrote:



> How could a user request 25 cpus?  For example code has a master process

> that controls several 2 thread MPI ranks.

>

> Thus jobs should be laid out:

>

> 1  2  2  2  2  2   etc,

>

> I tried:

>

> -l nodes=5:ppn=2+nodes=1



-l nodes=5:ppn=2+1:ppn=1

-------------- next part --------------

An HTML attachment was scrubbed...

URL: http://www.supercluster.org/pipermail/torqueusers/attachments/20081021/3fc44fb3/attachment.html
More information about the torqueusers mailing list

'리눅스이야기' 카테고리의 다른 글

레드햇 root pass 분실시  (0) 2009.04.01
이용자 제한...& 공지사항  (0) 2009.04.01
리눅스 삭제 윈도우 복구  (1) 2009.04.01
mpich 이용시 아무런 이유없는 에러  (0) 2009.04.01
터미널이용하여 Fluent 이용하기  (0) 2009.04.01
Posted by 스핏파이어
,

티스토리툴바